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解决方案丨简单安全应对FFPE样本提取难题!
FFPE(Formalin-fixed,paraffin-embedding),一般指人类或者动植物组织样本经福尔马林(目前应用最为广泛的固定剂为10%中性福尔马林)固定,石蜡包埋形成的切片或石蜡块。这种方式是目前长期保存病理样本的标准化方法。
现阶段在FFPE样本中提取核酸仍存在一定的挑战性,如样本在提取环节降解严重,影响后续实验的成功率;或是在提取之前,由于储存时间较长,储存温度非低温,导致降解严重等。
安全性是FFPE RNA提取试剂盒的首要特点。
首先,FFPE RNA提取试剂盒不含氯仿、苯酚、二甲苯以及巯基乙醇等有毒有害物质,这确保了操作人员在处理样本时的健康和安全。这些有害物质的避免使用,严格遵循了生物安全标准,减少了操作人员暴露于有害物质的风险,从而保护了他们的健康。
其次,FFPE RNA提取的安全性还体现在实验结果的准确性上。由于该试剂盒的设计考虑到了生物安全标准,因此提取得到的RNA产物可以直接用于下游应用,保证了实验数据的可靠性。这意味着,科研人员可以放心地使用这些RNA样本进行后续的实验和分析,而无需担心提取过程中可能引入的污染或化学修饰,从而确保了实验结果的准确性。
图2:FFPE样本的下游应用
石蜡包埋组织的存在方式不同,需采用不同的样本处理方法,以减少样品损耗或者降低RNA降解。若为组织石蜡块,需要先将修整好的蜡块置于石蜡切片机上进行切片,按照需求切不同厚度样品,并置于离心管;若为新鲜蜡卷可直接置于离心管中;若切片已裱在载玻片上,可用锋利单面刀片刮下后置于离心管中。
凡知组织石蜡切片RNA提取试剂盒(磁珠法)具有快捷方便的特点,只需要样品处理——提取——质量检测三步,即可方便快捷高效的提取FFPE RNA。该试剂盒操作简单,步骤清晰,可在短时间内同时完成RNA的提取。这大大缩短了实验周期,提高了科研效率。
对此,我们对比了同类型竞品发现,竞品需要数小时提取获得RNA,操作过程繁琐,另外还涉及到了多个离心管转移,造成RNA的损失浪费。
目前,市面上的大多数FFPE RNA提取试剂盒都可以兼容手动提取和自动化提取,但有部分试剂在自动化提取仪的选择上只能适配部分品牌的全自动核酸提取仪,另外,在手动提取方面,因为提取原理不同和试剂的种类不同,会造成RNA的得率、完整性差异。
1、客户反馈数据,在浓度比较低时,相对竞品的表现较好
表1:竞品A、竞品B及凡知产品提取FFPE RNA浓度及A260/280数据对比
2、重复性好
表2 提取同一蜡块样本10次的重复性结果
图3 提取同一蜡块样本10次的电泳重复性结果
通过表2和图4可以看出,凡知的FFPE RNA提取试剂盒重复性良好。
3、完整性好、浓度高
(1)肺组织FFPE RNA提取
图4:凡知与竞品提取肺组织FFPE RNA,凝胶电泳实验结果图对比显示,
凡知完整性好、浓度高
(2)肾组织FFPE RNA 提取
S1、S2是凡知的肾组织提取,M-S1、M-S2是竞品的肺组织提取。
以上数据可以看出,凡知的FFPE RNA提取试剂盒相较于竞品完整性更好、浓度更高。
本产品可从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 的组织标本中分离高质量的RNA,旨在为客户提供一种简单、可靠、快速的方法。
过程快速安全:不依赖毒性有机溶剂(如二甲苯)进行脱蜡,使用安全,操作简便快捷。
RNA产物质量高:采用特殊表面处理的纳米级超顺磁性微球对核酸的选择性吸附,尽可能减少纯化 RNA 样品的基因组 DNA 污染,并提供 DNase 消化选项。
使用场景灵活:既可支持手动提取,又可高效地与液体工作站或全自动核酸提取仪配套使用,以进行快速、大样本量的提取,提升整体效率。
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