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近10年来，现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域，为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。医院病理科档案中积存的大量石蜡包埋组织，是一个可靠的分子生物学研究的材料来源，从中提取出高质量的DNA，完全可以满足某些肿瘤分子生物学研究的需要。

图1：福尔马林固定后组织石蜡切片DNA提取及应用

1986年，Goelz（1985）和Dubeau等成功地从蜡块中提取出高质量的DNA，结束了DNA研究依赖于新鲜或冰冻组织和细胞的历史。

从石蜡包埋组织中提取DNA的基本步骤，是在常规DNA提取方法的基础上改良和演变而来。

Goelz等最先提出的石蜡包埋组织DNA提取技术，是用机械的方法破碎组织，切除多余的石蜡，直接进入含SDS和高浓度蛋白酶K（1mg/ml）的提取缓冲液加温孵育，然后进行提取，但是所得DNA不完整。

为此，Dubeau等（1986）在上述方法上作了改进。首先通过组织切片用二甲苯脱蜡，保证了组织的完全破碎，使细胞与消化液充分接触，使DNA释放和蛋白去除更加完全；其次通过两步消化的方法，将不适于做分子杂交的降解的DNA小片段去除，仅保留那些可螺旋化的完整的DNA大分子，从而提高了DNA质量。

除上述两种方法外，还有更简便的直接水煮法、蛋白酶消化法。这些方法不经过酚-氯仿-异戊醇抽提、DNA纯化等步骤，直接将组织放在去离子水中煮沸10min或在蛋白酶K缓冲液中消化，DNA即可释放出来。

图2：福尔马林固定会使胞嘧啶脱氨基引入C>T、G>A等突变

图3：不同组织样本及包埋横截面积展示

此外，在DNA释放出来以后的提取过程中，应尽可能轻柔操作，避免过多地移管。若必需移管时应选用大口吸管，尽可能避免人为的DNA剪切。

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福尔马林固定导致的DNA损伤及改善措施

 

 

上图展示了损伤的8种形式：

（1）为DNA和组蛋白产生交联；（2）为福尔马林和DNA反应后的生成物；（3）为DNA和蛋白质的交联；（4）为DNA和DNA之间产生的交联；（5）（6）分别为由胞嘧啶和甲基化的胞嘧啶脱氨基形成的碱基；（7）为碱基的脱落缺失导致的AP位点；（8）为DNA链断裂导致的DNA的片段化。

 

关于由胞嘧啶脱氨基形成的artifacts，可以用UDG酶对提取的FFPE DNA进行修复。5-mC脱氨基形成的T碱基，理论上可以通过碱基切除修复酶MBD4与胸腺嘧啶DNA糖苷酶进行修复。而交联可以通过高温加热而逆转。除此之外，在PCR过程中可采用高保真酶，保证不引入错误碱基，引起artifacts。如上简单的列举了一部分减少损伤对下游的影响的措施。

 

凡知的FFPE DNA提取试剂盒，针对FFPE 样本的特点，从以下几点进行了优化：

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1、对消化所用的buffer进行优化，减少消化步骤中DNA的降解；

2、对解交联的效果进行优化，从孵育温度到孵育时间；

3、对磁珠和DNA的结合效果进行了优化，使DNA最大化的被吸附；保证DNA的序列多样性，以满足下游的文库序列的多样性的需要，测序效果更好，dup率更低；

4、对洗涤方式进行了优化，采用较好的清洗buffer，能很好的去除DNA表面的杂质，保证提取纯度。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

组织石蜡切片基因组DNA提取试剂盒（磁珠法）

 

 

产品介绍

 

本产品采用独特的无二甲苯的脱蜡配方裂解释放石蜡切片组织中的微量DNA，并利用经过特殊修饰的纳米级超顺磁性微球对DNA进行选择性吸附，从而实现高质量DNA的提取。

 

产品应用

 

适用于临床检验中肿瘤组织基因突变检测、个性化药物疗法的诊断等核酸类检测项目的样品前处理。

 

产品优势

 

·快 速 安 全：2小时内即可完成实验，不依赖毒性有机溶剂（如二甲苯）进行脱蜡，使用安全。

·产物纯度高：采用特殊表面处理的纳米级超顺磁性微球可特异性吸附DNA，污染低，完整性好。

·场 景 灵 活：既可支持手动提取，又可高效的与液体工作站或全自动核酸提取仪配套使用，以进行快速、大样本量的提取，提升整体效率。

凡知医学组织石蜡切片基因组DNA提取试剂盒（磁珠法）的提取性能优良，与同类竞品相比，提取操作体验更佳、速度更快、结果更优、安全可靠，可实现快速、大样本量的提取，提升整体效率。