粪便DNA提取——助力更高效、精准的肠道微生物研究

#01

肠道微生物研究背景

肠道微生物也就是我们所说的“肠道菌群”，其数量超过人体自身细胞的10倍以上，对营养物质代谢、人体自身发育、免疫及疾病的产生等方面都起到极其重要的作用。很多研究结果都表明肠道微生物和多种疾病发病直接相关，比如癌症、肥胖、神经变性疾病等。

采用高通量测序对样本中微生物的DNA进行测定，通过生信统计分析，进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及相对丰度和进化关系；还可以通过实时荧光定量PCR方法，定量的研究肠道菌群，探讨微生物多样性，研究肠道微生物与环境间的相关关系；还可以通过厌氧培养，获得肠道微生物中的菌种，从菌株水平上研究肠道微生物的功能和作用。

#02

肠道微生物研究方向

寻找疾病组和健康组间肠道菌群的差异：分别采集健康人群和疾病人群的粪便样本，比较健康组和疾病组之间肠道菌群的差异，寻找与疾病相关的marker，这是目前最典型的研究方法；

研究药物或饮食干预群体的肠道菌群：分别采集药物或饮食干预前、后的群体的粪便样本，比较个体在不同干预阶段的肠道菌群的差异；

同一群体、不同生长发育时期的肠道菌群：如分别采集婴儿出生后0个月、4个月、12个月等时间的粪便样本，对婴幼儿的肠道菌群进行研究；

研究某一疾病发生发展进程中的群体的肠道菌群：如分别选择健康人、结直肠腺瘤患者（大部分的结直肠癌由腺瘤演变而来）、结直肠癌患者群体，研究与结直肠癌疾病进程相关的marker；

研究同一群体多个身体部位的微生物：如分别选取同一人群的粪便、唾液、牙菌斑等样本进行关联分析。

#03

粪便DNA提取方法

粪便是人或动物的大肠排遗物粪便作为肠道微生物的主要载体，其样本的复杂性给核酸提取带来了挑战。粪便的四分之一是水分，其余大多是蛋白质、无机物、脂肪、未消化的食物纤维、脱了水的消化液残余、以及从肠道脱落的细胞和死掉的细菌等。

一般来说，只需提取其中细菌的核酸进行研究，剩余的食物纤维、蛋白质等均会对提取造成干扰，其中食物纤维会增加裂解难度，蛋白质会降低核酸的纯度，影响下游研究的开展。特别是对于高脂饮食习惯的人群，粪便样本中的脂质含量较高，这可能会影响核酸的提取效率和质量。

为了克服这些困难，科研人员和企业开发了多种粪便核酸提取方法和试剂盒，以提高提取效率和核酸质量。这些方法通常包括物理破碎、化学处理和生物酶解等步骤，以及使用特殊的吸附材料和缓冲液来去除杂质和抑制物。此外，自动化提取平台的应用也大大提高了提取过程的效率和重复性。

总之，粪便核酸提取是一个需要精细操作和严格质量控制的过程。选择合适的提取方法和试剂盒，结合自动化设备，可以有效提高提取效率和核酸质量，为肠道微生物群落的研究提供可靠的基础。

 

 

凡知医学推出的粪便DNA提取试剂盒（磁珠法），专为各类粪便样本的基因组DNA提取而设计。该试剂盒能够高效提取出高质量的粪便DNA，为肠道微生物研究提供有力支持。其独特的缓冲液配方可有效去除粪便中的各种抑制因子，确保下游实验不受干扰。同时，该试剂盒能够高效回收粪便中的基因组DNA，提取的DNA纯度高、质量稳定可靠，可广泛适用于酶切、PCR、文库构建等多种下游应用实验。

 

 

 

 

粪便DNA提取试剂盒 （磁珠法）

货号：FG1110D

规格：96次/盒

 

本试剂盒采用独特包埋的磁珠，拥有独特去腐缓冲系统，并有效去除粪便中各种影响下游实验（如PCR）的抑制因子，能够安全、快速分离纯化核酸，提取的基因组DNA片段大，纯度高，质量稳定可靠。

纯化的基因组可以直接用于PCR、荧光定量PCR、酶切反应、Southern杂交、文库构建、尤其适合高通量测序工作站的自动化提取。

· 易 操 作：即取即用，一步离心即可上机实验。无需加入蛋白酶K，防止加样操作过多造成样本间污染。配备对应的保存液，防止样本降解；

· 安全无毒：无需酚、氯仿等有毒试剂；

· 适用性广：适合手工及高通量自动化提取设备；

· 高 质 量：完整性好和纯度高，提取产物无颜色，无掉磁。

分别取人、狗、小鼠粪便样本0.1g进行提取，洗脱体积100μL。进行浓度、纯度等测定，结果如图1所示：

图1：不同来源粪便提取产物浓度和纯度结果

图2：取5μL提取产物进行琼脂糖凝胶电泳

图3：取2μL提取产物进行普通PCR扩增，目标基因:16S

结果显示：产品可适用于各种粪便样本基因组DNA，提取的DNA片段完整，下游实验结果良好。